科大推出全球首個深海多組學資源平台 推動極端環境生物研究

香港科技大學（科大）與南方海洋科學與工程廣東省實驗室（廣州）合作推出全球首個深海多組學資源平台，該平台名為 DOO（https://DeepOceanOmics.org/）。此平台整合並分析來自極端海洋環境生物的多組學數據，提供個人化分析工具，支援跨物種比較與演化研究。平台旨在善用深海生物資源，加深科學界對深海生物多樣性及生態系統的理解，從而推動極端環境生物適應機制的研究。

DOO 平台涵蓋來自冷泉、熱液噴口和海山等深海棲息地的七大門類物種，包括軟體動物、環節動物、節肢動物、脊索動物、刺胞動物、棘皮動物及多孔動物。研究團隊人工收集並整合了 68 種深海動物的多組學數據，包含 72 個基因組、950 個轉錄組、1,112 個巨集基因組及 15 個單細胞轉錄組。這些數據支援深海生物環境適應策略的演化分析，成為目前物種覆蓋最廣、數據最全面的深海多組學平台。

DOO 平台提供三大專用分析模組： - 基因與基因組模組：用於結構與功能註釋、轉錄因數、泛素家族、轉座子及基因家族分析。 - 功能基因組分析模組：包含基因共表達網絡、動態網絡可視化、單細胞圖譜可視化及巨集基因組分析。 - 進化與比較基因組學模組：支持泛基因集分析、深海物種微觀與宏觀共線性分析、祖先核型重建及進化樹構建。

平台所有數據可在定制的基因組瀏覽器中查看並使用，為用戶提供直接、易於探索的整合界面。DOO 平台聚焦三大研究領域：解析極端環境生存所需的關鍵基因信息、追溯深海物種的進化軌跡，以及研究化能合成生態系統中宿主與微生物的共生關係。

自推出以來，DOO 平台已吸引來自 40 個國家超過 1,500 名用戶。科大海洋科學系講座教授錢培元教授表示，數據庫通過整合多組學數據，系統性分析深海生物的適應機制，方便研究人員識別物種生存關鍵基因、重建跨越數百萬年的進化歷史，並進行大規模的化能合成共生研究。此平台為全球海洋科學界提供了高效工具，推動生物多樣性和生存適應策略的研究，為人類未來應對極端氣候環境開闢新方向。

相關研究論文《DOO：Integrated Multi-Omics Resources for Deep Ocean Organisms》已於國際頂尖生物數據庫期刊《Nucleic Acids Research》上發表。該論文由錢培元教授與吳龍君教授共同通訊作者，佘加傑博士為第一作者。研究獲得南方海洋科學與工程廣東省實驗室（廣州）、科大潘樂陶氣候韌性與可持續性研究中心、香港研究資助局及深圳市科技創新委員會的資助。