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立法院於 2025 年 12 月 3 日三讀通過「全民健康保險資料管理條例」，明定民眾擁有選擇退出健保資料特定目的外利用（退出權）的權利。此舉基於憲法法庭在 2022 年的判決，要求政府修訂相關法規以保護民眾個人資訊隱私與自主權。根據新規定，民眾隨時可以上網申請退出，防止其健保資料被不當使用。
為因應上述判決，行政院於今年 5 月通過「全民健康保險資料管理條例」草案，並明確規定退出權等內容。早在立法尚未完成前，健保署已先行公告相關作業及管理要點，民眾可自 8 月中旬起隨時申請停止其健保資料用於學術研究及其他目的外使用，處理時間約 30 天。
新法通過後，當健保資料被用於非原定目的之研究或政策分析時，資料當事人可以請求停止利用。政府部門、醫院及學術機構在依法執行公權力或為防疫等重大公共衛生風險情況下仍可例外使用，但須事先取得個別同意。
若違反規定未經同意擅自使用健保資料者，將處以 200 萬至 1000 萬元罰鍰，且一年內不得再申請。即便未在指定期限內退出，民眾未來仍有隨時提出請求之權力。此外，衛福部強調，合理利用健保資料有助提升醫療品質與公共衛生，此次立法為健保資料治理法制化的重要里程碑，亦能在個資保護與公共利益之間取得平衡。
政府呼籲各界支持此一改革措施，以促進健保資料的有效管理與適當應用。
