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全民健保資料長年供學術機構使用，但未經民眾事先同意，引發隱私權疑慮。憲法法庭 111 年憲判字第 13 號判決指出，健保資料目的外利用違憲，要求政府於三年內修法。現行《全民健保資料管理條例》已於 12 月 2 日三讀通過，版本雖納入「退出權」，但設置了許多限制條件。

根據憲法法庭判決，現行法律在個資保護監督機制、法律保留原則和民眾退出權方面存在問題。2012 年，台灣人權促進會及民間監督健保聯盟因健保資料二次利用提起訴訟，雖於 2017 年敗訴定讞，但同年年底再度向大法官聲請釋憲。2022 年 8 月，憲法法庭第 13 號判決認定，健保署在辦理全民健保之外目的，將健保資料提供給第三人之二次利用行為違，要求政府三年內修正相關規範。

政院版「全民健保資料管理條例」經黨團協商後通過。雖然版本內容加入「退出權」，但設置了許多限定條件，使得民眾的權利受到限制。台灣人權促進會秘書長周冠汝指出，協商後版本將第 10 條及第 19 條混為一談，第 10 條原本設計為行政機關可依「法定職權」或「明確的其他法律」向健保署申請資料使用，但必須提出法律依據與安全規範。然而，協商後卻刪除「其他法律」，僅留下法定職權，造成使用範圍過度擴張。

第 19 條賦予人民退出權，本應作為民眾控制個資的最後一道防線。協商後版本規定，只要行政機關以法定職權申請且通過，即便人民已申請退出，其資料仍須被提供。這意味著退出權只適用於「研究機構等第三方」，而不適用於「行政機關」，導致退出權淪為形式存在。

民間監督健保聯盟發言人滕西華指出，政府若要採用退出制，法律必須明確何種情況不得退出、如何行使退出以及若不退出資料將如何被使用。現行法規只做到一半，且大量以「授權機關另訂」方式管理，明確性嚴重不足。

滕西華進一步指出，協商後版本比原本更嚴峻。原版本至少列出限制如國家安全、生命財產安全等，而協商後則改為「各目的事業主管機關職權所需」即可，大幅放寬公務機關使用範圍。她以役政單位調閱逃兵資料為例，若在退出權受限的情況下，民眾將無力拒絕，風險極高。

總之，《全民健保資料管理條例》修法雖有進步，但在退用權和法律保留原則方面仍有不足，需進一步完善以保護民眾隱私權。